Chrome浏览器插件配置丢失可能与清理工具有关，但也可能是其他原因导致的。以下是具体分析：
1. 清理工具的影响：部分清理工具在清理浏览器缓存和数据时，可能会误删插件的配置文件或相关数据，导致插件配置丢失。特别是一些第三方清理软件，可能无法准确识别哪些文件是插件所需的重要配置信息，从而在清理过程中将其一并删除。
2. 浏览器自身的清理操作：Chrome浏览器自带的清理浏览数据功能，若选择了清理插件相关的数据，如缓存、Cookie等，也可能导致插件配置丢失。此外，在卸载插件时，如果没有正确保留配置文件，或者在重新安装插件时没有导入之前的配置文件，也会使之前的配置丢失。
3. 插件升级问题：插件在升级过程中，可能会出现配置不兼容的情况，导致原有的配置无法正常加载，从而出现配置丢失的现象。有些插件升级后，其设置选项、功能等可能会发生变化，如果没有相应的配置迁移机制，就容易造成配置丢失。
4. 系统或浏览器故障：操作系统出现问题，如系统文件损坏、病毒感染等，可能会影响Chrome浏览器的正常运行，进而导致插件配置丢失。另外，浏览器本身的故障，如程序崩溃、文件损坏等，也可能引发插件配置丢失的情况。
5. 同步问题：如果使用了Chrome的同步功能，在不同设备上同步插件配置时，可能会出现配置冲突或同步不完整的情况，导致某些设备上的插件配置丢失。